במסוף פועלים שני אגפים; אגף נוסעים ואגף מטענים.
לאור המצב הביטחוני במדינת ישראל, עד להודעה חדשה המסוף פועל 6 ימים בשבוע במהלך כל השנה, למעט יום כיפור והיום הראשון של חג הקורבן המוסלמי.
בחגי ישראל יחולו שינויים בשעות הפעילות, השעות יפורסמו בנפרד.
שעות פעילות אגף הנוסעים:
ימים ראשון וחמישי - 08:00-18:30- לטובת הנוסעים הנכנסים לארץ בלבד.
ימים ראשון וחמישי- 08:00-17:00- לטובת הנוסעים היוצאים מהארץ בלבד.
ימים שני עד רביעי - 08:00-17:00.
יום שישי - 08:00-15:30.
יום שבת - המסוף סגור.
*על קהל הנוסעים להגיע אל המסוף לא יאוחר מ 3 שעות לפני שעת הסגירה הנקובה.
נוסעים פלסטינים המגיעים באוטובוסים בלבד, נדרשים להגיע למסוף עד 2.5 שעות לפני שעת הסגירה הנקובה"
* מומלץ לתאם מראש כניסה של קבוצות תיירים לישראל באמצעות פקס 02-9943289 או בדוא"ל: allenby-info@iaa.gov.il
שעות פעילות אגף המטענים:
ימים ראשון-חמישי: 08:00-18:30.
מסוף המטענים סגור לפעילות בימי שישי ושבת, חגי ישראל ובחגי אסלאם מסוימים.
* שעת הגעה אחרונה יש לתאם מול אגף המטענים.