החל מינואר 1997 חלה על רשות שדות התעופה חבות מס כחברה עסקית. כלומר, עליה לשלם מס חברות בשיעור של 36% על הכנסתה החייבת במס. שינוי זה נכלל בחוק ההסדרים במשק המדינה (תיקוני חקיקה להשגת יעדי התקציב), התשנ"ז - 1996 (להלן: "החוק").

חוק זה ביטל את סעיף 48 לחוק הרשות, אשר הקנה לה פטור ממיסים בדומה למעמד המדינה.