תקציבה הרגיל של הרשות כפוף לאישור שר התחבורה ושר האוצר ואילו תקציב הפיתוח כפוף לאישור שר התחבורה והממשלה. פרט לכך, נמצאת הרשות תחת פיקוחו הכללי של שר התחבורה.

כחלק מפיקוח זה, רשאי שר התחבורה לדרוש בכל עת דין וחשבון וכן מידע שוטף או חד פעמי לכל עניין שהוא בגדר תפקידיה וסמכויותיה של הרשות.