בראש הרשות עומדים מועצת הרשות ומנכ"ל הרשות והיא פועלת באמצעות עובדיה.
1) מועצת הרשות:
במועצת הרשות חמישה עשר חברים אשר ממונים על ידי שר התחבורה באישור הממשלה כמפורט להלן:
o יו"ר המועצה;
o 7 נציגי ציבור;
o 7 נציגי מדינה;
תקופת כהונתם של חברי המועצה הינה בת 4 שנים.
2) המנהל הכללי:
המנהל הכללי מתמנה על ידי מועצת הרשות, לפי הצעת שר התחבורה ובאישור הממשלה.
3) מנהלי שדות התעופה של הרשות:
מנהלי שדות התעופה מתמנים על ידי מועצת הרשות, בהמלצת המנהל הכללי ובאישור שר התחבורה.
4) עובדי הרשות:
ברשות שדות התעופה מועסקים כ– 1,371 עובדים קבועים וכ– 2,170 עובדים ארעיים.