בראש חטיבת מינהל וארגון עומד סמנכ"ל למינהל וארגון שהינו חבר הנהלת רשות שדות התעופה. בנוסף לאחריותו הניהולית על 3 הזרועות שיפורטו להלן, אחראי סמנכ"ל למינהל וארגון גם על תחום יחסי העבודה ברשות.
חטיבת משאבי אנוש
הממונה על משאבי אנוש אחראי על חטיבת המשנה העיקרית במינהל וארגון. בראש החטיבה עומד הממונה על משאבי אנוש ותחום אחריותו כולל: גיוס עובדים, הדרכה, טיפול בפרט, פרישת עובדים , טיפול בגימלאים, רווחת עובדים, תנאי שירות, שירותי דת, רישום נוכחות, הסעדת עובדים, שכר עידוד, משכורת, ניהול ארכיבים, ועדות מכרזים ועוד.
לוגיסטיקה
יחידות הלוגיסטיקה עוסקות ברכש שירותים וברכש טובין, ניהול מחסנים, ניהול צי רכב רשותי, ניהול התקשרות הליסינג, הסעות, וכיוב'.
ארגון ושיטות
אגף ארגון ושיטות אחראי לנהלי הרשות, קביעת שיטות עבודה, כתיבה ועדכון תאורי תפקיד, תקינה תכנון כח אדם, ובדיקות או"ש.