בראש המערכת המנהלת עומד מנהל הכללי הממונה ע"י המועצה בהמלצת שר התחבורה ובאישור הממשלה. המנכ"ל אחראי בפני המועצה לביצוע המדיניות שנקבעה על ידה.
פעילות הרשות מתבצעת באמצעות חמש חטיבות שבראש כל אחת מהן עומד סמנכ"ל הכפוף ישירות למנכ"ל הרשות והן: חטיבת כלכלה, כספים ומסחר, חטיבת מנהל וארגון, חטיבת תכנון והנדסה, חטיבת מסופי הגבול ושתפ"א וחטיבת מבצעים.