בראש הרשות עומדת מועצה בת 15 חברים: שבעה מקרב נציגי ציבור, שבעה מקרב עובדי המדינה ויושב-ראש המועצה. יו"ר מועצת הרשות וחבריה מתמנים ע"י שר התחבורה באישור הממשלה לתקופת כהונה של 4 שנים.