רשות שדות התעופה פועלת באמצעות מועצת הרשות והנהלתה. עפ"י החוק מונה מועצת הרשות חמישה עשר חברים - יושב ראש המועצה, שבעה חברים מקרב נציגי הציבור ושבעה חברים מקרב עובדי המדינה. חברי מועצת הרשות מתמנים ע"י שר התחבורה, באישור הממשלה, לתקופת כהונה של ארבע שנים.
מועצת הרשות פועלת באמצעות שבע ועדות – ועדת כספים, ועדת בטיחות ובטחון, ועדת פיתוח, ועדת ביקורת, ועדת מנהל ארגון וכ"א, ועדת שתפ"א (שדות תעופה פנים ארציים) ומסופים והועדה לקשרים בינלאומיים. הועדות מתכנסות לעיתים תכופות לדיונים מקצועיים, כל אחת בתחום האחריות שלה. החלטות המתקבלות בועדות מועברות לאישור מועצת הרשות.
מועצת הרשות מתווה את האסטרטגיה ואת המדיניות לפעילות הרשות בתחומי ניהול, תפעול ופיתוח שדות התעופה ומסופי הגבול המצויים באחריות הרשות. אחריותן. בנוסף, מתפקידן של מועצת הרשות וועדותיה השונות לערוך בקרה ופיקוח שוטף על יישום המדיניות בפועל ע"י הנהלת הרשות.