מיקום תחנות הקצה נקבע על פי בדיקות קפדניות שנערכו בשיתוף ובייעוץ של גורמים אקדמאיים ומרכז הניטור הארצי של המשרד לאיכות הסביבה. אפיון תחנות הקצה הוא כ"תחנות כלליות" המודדות את המזהמים באופן מרחבי ומיקומן כ- 10 מטרים מעל לפני הקרקע.

• תחנת ניטור "נתב"ג" נמצאת על גג המשרד הראשי של רש"ת.
• תחנת ניטור "בית רבקה" נמצאת על גג המכללה של מוסד בית רבקה כ 850 מ' מדרום לטרמינל 3 וכ-250 מ' מצפון לכביש ירושלים - תל אביב.