יצוא
תהליך יצוא סחורה מישראל למצרים, כולל:
הגעת המשאית לשער הראשי.
בדיקה ביטחונית ראשונית לנהג ולמשאית בשער הראשי.
הכנסת המשאית למסוף המטענים לעמדת המתנה וטיפול בניירת.
אישור המכס וביקורת גבולות ליציאת המשאית.
חתימה של נציג חברת השינוע, על גבי תעודת מעבר, ושחרור המשאית לשער ראשי.
בדיקת תעודת המעבר בשער ראשי חתומה בחותמות: מכס, נציג חברת  השינוע וביקורת גבולות.
שחרור המשאית למסוף המצרי, פריקת הסחורה שם וחזרה למסוף הישראלי.

יש להודיע למשרד הזכיין, על כוונה לבצע יצוא, 72 שעות בטרם הגעת הסחורה למסוף.

יבוא
תהליך יבוא סחורה ממצרים לישראל, כולל:
הגעת המשאית המצרית למסוף ניצנה.
בדיקת הסחורה, אישור והודעה על כך להנהלת המסוף המצרי.
פריקת הסחורה על ידי זכיין השינוע בשטחים המיועדים לכך.
בדיקה ביטחונית על ידי המכס.
אישור מכס ואישור המשרדים הנוגעים בדבר, בהתאם לסוג הסחורה.
שחרור הסחורה וכניסתה לארץ.

אחסנה
במידה והסחורה מתעכבת, מסיבות שונות, ניתן לאחסן אותה במסוף, לפרקי זמן שונים. במידה שישנה כוונה להוציא סחורה, יש להודיע על כך לזכיין השינוע במסוף, בטרם הגעת המשאיות.