מסוף ניצנה משמש כמסוף מטענים.

אולם מרכזי

באולם המרכזי ממוקמים המשרדים הפועלים במסוף:

• מכס.
• משרד הבריאות.
• משרד החקלאות.
• משרדי 4 החברות המספקות שירותי עמילות מכס.

משרדי זכיינים:

• כוח-אדם.
• שינוע.

אולמות בידוק

משני צידי האולם הראשי ממוקמים שני אולמות נוספים, המשמשים את המכס בתהליכי בידוק הסחורות הנכנסות לארץ.

מחסנים

מחוץ לאולם המרכזי ממוקמים מחסנים בהם מאוחסנות סחורות רגישות.