בעקבות חתימת הסכם "עזה ויריחו תחילה" (מאי 1994), שבהמשך נכלל כחלק מהסכם אוסלו, הקימה מדינת ישראל את מעבר קרני על-גבי מסלול תעופה ששימש בזמנו את הצבא הבריטי, בצד הפלסטיני ובצמוד לגדר הגבול.

מעבר קרני בצורתו זו, עד למרס 1996 ריכז את מירב הסחר שבין ישראל לרשות הפלסטינית בשיטת "גב לגב" שנעשתה בין משאיות ישראליות למשאיות פלסטיניות.

המעבר נוהל והופעל בצד הישראלי על-ידי צה"ל ובצד הפלסטיני על-ידי ארגון הביטחון המסכל מטעם הרשות הפלסטינית.

במרס 1996 נסגר המעבר כתוצאה מהברחת מחבל מתאבד לישראל, במשאית ישראלית, תוך שיתוף פעולה של נהג ערבי ישראלי. כשעה וחצי לאחר שהסתנן דרך המעבר, הפעיל המחבל המתאבד מטען רב עצמה בדיזינגוף סנטר במהלך חג הפורים וגרם לאבדות רבות בנפש, 13 הרוגים ועשרות פצועים.

כתוצאה מאירוע זה ומחוסר ההסכמה של הרשות הפלסטינית להכיל אמצעי בידוק בטחוני קפדניים במעבר, הובילה מערכת הביטחון בראשות שר הביטחון יצחק מרדכי והרמטכ"ל אמנון ליפקין שחק החלטת ממשלה שעיקרה אזרוח המעברים, קרי, העברת הניהול השוטף של מעברי האוטונומיה לגוף אזרחי מתמחה.

כמו כן, הוחלט להעתיק את מעבר קרני לטריטוריה ישראלית, שבה ניתן ליישם את הנחיית הגופים הביטחוניים באשר לבידוק בטחוני של סחורות, מבלי שלנציגי הרשות הפלסטינית תהייה יכולת מעשית להתנגד לתהליך..