ממשלת ישראל הטילה על "רשות שדות התעופה" להקים ולנהל את מסוף המטענים החדש. השיקול המרכזי בהטלת המשימה על רש"ת, היה ניסיונה בהפעלת מסופי הגבול בין ישראל למצרים (טאבה, ניצנה ורפיח) ובין ישראל לירדן  (ערבה, אלנבי ונהר הירדן).

במהלך 97 - 98 תוכנן והוקם המסוף החדש, משיק לקו הגבול בקרבת המעבר הישן. המסוף הוקם על שטח בגודל של כ-200 דונם, שהיה בעבר אדמה חקלאית בבעלות קיבוץ נחל-עוז.

המסוף תוכנן ונבנה משני צידיו (הישראלי והפלסטיני) במקביל ע"י רש"ת. בהקמת המסוף הושקעו כ-50 מיליון ש"ח בתשתיות ועוד כ-10 מיליון דולר באמצעי בידוק בטחוני.

באפריל 99 החל המסוף לפעול, תוך כדי העברת הפעילות מהמעבר הישן למסוף החדש, עד לסגירתו המוחלטת של המעבר בצד הפלסטיני.