נמל התעופה אילת הוקם על ידי חיל האוויר הישראלי בשנת 1949, עם תום מלחמת העצמאות.

תנופת הפיתוח באילת של ראשית שנות החמישים וריחוק הישוב מהארץ הביאו לפתיחת קו תעופה סדיר מלוד ואחר-כך מחיפה. כל הטיסות הסדירות בוצעו על ידי חברת ארקיע ולפניה על ידי חברת אילתה, חברת בת של אל על וחברת אווירון .

בשנת 1964 הוארך המסלול ל- 1,500 מ' ונבנה מסוף נוסעים קטן. בשנת 1969 הוארך המסלול לאורכו הנוכחי העומד על 1,900 מ'.

בשנת 1975 נוחתת בנמל התעופה טיסת השכר הבינלאומית הראשונה של חברת סטרלינג מדנמרק,  ומאז מתחילים לפקוד את הנמל בקביעות מטוסי שכר בטיסות בינלאומיות. מאמצע שנות ה- 80 החלה גם חברת אל-על להפעיל באילת טיסות סדירות לאירופה.

בשנים 91 –1990,  על רקע מלחמת המפרץ, לא התקיימה עונת טיסות השכר והדבר פגע בתנועה הבינלאומית לאילת.

נמל התעופה אילת משמש כיום לטיסות אזרחיות פנים-ארציות, לטיסות שכר בינלאומיות, לטיסות פרטיות ולטיסות מיוחדות.