سلطة المطارات، بواسطة شعبة المعابر الحدودية، مسئولة عن إدارة وتفعيل المعابر الحدودية البرية بين إسرائيل وجاراتها، وكذلك عن المطارات الداخلية (فيما عدا مطاري إيلات وعوفداه).
شعبة المعابر الحدودية وخدمات الطيران الداخلي، برئاسة نائب المدير، هي الجهة الموجّهة، المخططة والتي تركّز كافة نشاطات المعابر الحدودية والمطارات الداخلية.
طريقة عمل شعبة المعابر الحدودية والمطارات الداخلية:
المميزات
§ الابتعاد الجغرافي والطبيعي - درجة انتشار كبيرة
§ توحيد المراقبة والإدارة في المجالات المتعلقة
§ استغلال ناجع للموارد
تشكل شعبة المعابر، كما ورد أعلاه، المركز التفعيلي، الأمني، التخطيطي والمالي للمعابر الحدودية.
الشعبة مقسّمة إلى ذراعين تنظيميين أساسيين:
§ التفعيل
§ الأمن