يترأس المنظومة الإدارية مدير عام يتم تعيينه من قبل المجلس بتوصية من وزير المواصلات وبمصادقة الحكومة. يكون المدير العام مسئولا أمام المجلس عن تنفيذ السياسة التي يحددها المجلس.

يتم إجراء نشاطات السلطة بواسطة خمس شعب يترأس كلا منها نائب مدير يكون تابعا لمدير عام السلطة بشكل مباشر، وهي: شعبة الاقتصاد، الأموال والتجارة، شعبة الإدارة والتنظيم، شعبة التخطيط والهندسة، شعبة المعابر الحدودية والخدمات الجوية الداخلية وشعبة الحملات الخاصة.