أقيم قسم العمليات الخاصة عام 1978، بهدف إدارة، تطوير وتفعيل منظومة النقل الجوي المدني في إسرائيل، وذلك بواسطة وحدتي مراقبة (الشمالية والجنوبية)، خمسة أبراج مراقبة (روش بيناه، هرتسليا، مطار بن غوريون، إيلات وعوفداه) ووحدتين لاستعلامات الطيران (مطار بن غوريون وإيلات). يضم القسم وحدات غرفة العمليات التالية:

·         مكتب نائب المدير للحملات الخاصة، مسؤولية شاملة عن إدارة النقل الجوي بواسطة وحدة غرفة العمليات والوحدات التنفيذية.

·         المسئول عن النقل الجوي، مسئول مباشر عن تفعيل وحدات مراقبة الرحلات الجوية  ومراقبة وتخطيط المجال الجوي.

·         المسئول عن التخطيط والتطوير التنفيذي، مسئول عن تطوير النُظم، المشتريات ومراقبة الميزانية.

·         رئيس شعبة استعلامات الطيران، مسئول عن عن تطوير البرامج التدريبية والأنظمة في مجال استعلامات الطيران، يقوم بتقديم التوجيه المهني للوحدات الموجودة في مطاري بن غوريون وإيلات، ومسئول عن تنسيق العمليات الجوية الاستثنائية في المجال الجوي.

·         مسئول السلامة التنفيذية، يركّز معالجة تقييدات البناء بجوار المطارات، تطوير المطارات من الناحية التنفيذية وتنسيق السلامة التنفيذية مقابل مدير الطيران المدني.

·         مخطط نُظم النقل الجوي، مسئول عن تخطيط مسارات الطيران والمجالات الجوية، التي تجرى فيها رحلات أجهزة، ومطابقتها للمواصفات الدولية.

·         مراقب الطيران الرئيسي، مسئول عن النواحي المهنية في مجال مراقبة الطيران والتحكّم، بما في ذلك نُظم الإرشاد التنفيذي في البلاد والخارج والحفاظ على مستوى مهني لائق.