تعمل سلطة المطارات بواسطة مجلس السلطة وإدارتها . وحسب القانون عدد أعضاء مجلس السلطة خمسة عشر عضوا – رئيس مجلس الإدارة , سبعة أعضاء من قبل ممثلي الجمهور وسبعة أعضاء من قبل موظفي الدولة . وزير المواصلات هو الذي يعيّن أعضاء مجلس السلطة, وبموافقة الحكومة لمدة أربع سنوات. 

يعمل مجلس السلطة بواسطة سبع لجان – لجنة المالية , لجنة الأمان والأمن , لجنة التطوير , لجنة المراقبة , لجنة إدارة التنظيم والقوى البشرية , لجنة ( شتفا ) لجنة المطارات الداخلية والمعابر ولجنة للعلاقات الدولية . تجتمع اللجان في أوقات متقاربة لمداولات مهنية كل لجنة في نطاق مسؤوليتها . القرارات التي تقر في اللجان تنقل لموافقة مجلس السلطة.  

مجلس السلطة هو الذي يخطط الإستراتيجية وسياسة عمل السلطة في مجالات الإدارة , تشغيل وتطوير المطارات ومعابر الحدود التي تحت سلطتها . يالإضافة إلى ذلك من مهام مجلس السلطة ولجانها المختلفة أن تقوم بالمراقبة والتفتيش الدائمين للتأكد من تنفبذ سياستها فعليا بواسطة إدارة السلطة .