التصدير
تشتمل عملية تصدير البضائع من إسرائيل إلى مصر على:
   وصول الشاحنة إلى البوابة الرئيسية.
   فحص أمني أولي للسائق وللشاحنة على البوابة الرئيسية.
   إدخال الشاحنة إلى معبر الحمولات إلى نقطة الانتظار ومعالجة المستندات.
   موافقة الجمارك والمراقبة الحدودية على خروج الشاحنة.
   توقيع مندوب شركة الشحن على تأشيرة العبور، وتحرير الشاحنة إلى البوابة الرئيسية.
   فحص تأشيرة العبور على البوابة الرئيسية مختومة بختم : الجمارك، مندوب شركة  الشحن والمراقبة الحدودية.
   تحرير الشاحنة إلى المعبر المصري، تنزيل البضاعة هناك والعودة إلى المعبر الإسرائيلي.

يجب تبليغ مكتب صاحب الامتياز بالنية في إنجاز التصدير , 72 ساعة قبل وصول البضائع إلى المعبر.

الاستيراد
تشتمل عملية استيراد البضائع من مصر إلى إسرائيل على:
   وصول الشاحنة المصرية إلى معبر نيتسانا.
   فحص البضائع، المصادقة وتبليغ إدارة المعبر المصري بذلك.
   تنزيل البضائع من قبل صاحب امتياز الشحن في المناطق المعدة لذلك. 
   فحص أمني من قبل الجمارك.
   مصادقة الجمارك ومصادقة المكاتب ذات العلاقة، وفقا لنوع البضاعة.
   تحرير البضاعة ودخولها إلى إسرائيل.

التخزين
في حال تأخر البضاعة، لأسباب مختلفة، يمكن تخزينها في المعبر، لفترات زمنية مختلفة. في حال كانت هناك نية في إخراج البضاعة، يجب تبليغ صاحب امتياز الشحن في المعبر بذلك، قبل وصول الشاحنات.