يُستخدم معبر نيتسانا كممرّ حمولات.
القاعة المركزية
تضمّ القاعة المركزية المكاتب العاملة في المعبر:
· الجمارك.
· وزارة الصحة.
· وزارة الزراعة.
· مكاتب الشركات الأربع التي توفّر خدمات عمالة الجمارك.
مكاتب أصحاب الامتياز:
· القوى العاملة.
· الشحن.
قاعات الفحص
في طرفي القاعة قاعتان إضافيتان، تُستخدمان للجمارك في إجراءات فحص البضائع الداخلة إلى البلاد.
المخازن
خارج القاعة المركزية مخازن يتم تخزين البضائع الحساسة فيها.