تأسس مطار إيلات على يد سلاح الجو الإسرائيلي عام 1949، فور انتهاء حرب الاستقلال.

انطلاقة تطوير إيلات في بداية الخمسينيات وبُعد المدينة عن البلاد، أدّيا إلى افتتاح خط طيران منتظم من اللد، ومن ثم من حيفا. قامت شركة أركياع بمجمل الرحلات الجوية المنتظمة، وقد سبقتها شركة إيلتا، وهي شركة فرعية لشركتي إل-عال وأفيرون.

في عام 1964 تمت إطالة المدرج ليصل إلى  1,500 متر وتم بناء ترمينال صغير للمسافرين. في عام 1969 تمت إطالة المدرج ليصل إلى طوله الحالي الذي يبلغ  1,900 متر.

في عام 1975 هبطت في المطار أول رحلة جوية لطائرة مستأجرة (تشارتر) قامت بها شركة سترلينغ من الدانيمارك، ومنذ ذلك الوقت بدأت الطائرات المستأجرة تصل الى المطار بشكل منتظم برحلات جوية دولية. منذ منتصف الثمانينيات، بدأت شركة إل-عال أيضا بتفعيل رحلات جوية منتظمة من إيلات إلى أوروبا.

خلال العامين 91 - 1990، وعلى خلفية حرب الخليج، أُلغي موسم الرحلات الجوية المستأجرة وقد أدى الأمر إلى مس الحركة الدولية إلى إيلات.

يُستخدم مطار إيلات اليوم للرحلات الجوية المدنية الداخلية، للرحلات الجوية الدولية المستأجرة، للرحلات الجوية الشخصية وللرحلات الخاصة.