لضمان أمن الرحلة، يجتاز كل المسافرين المغادرين من مطار بن غوروين فحصا أمنيا يشتمل على فحص الأمتعة الشخصية التي يتم إرسالها إلى باطن الطائرة، فحص حمولة اليد وفحص جسدي.
لجعل العملية أكثر نجاعة، هناك طوابير منفردة لحاملي جواز السفر الإسرائيلي ولحاملي جواز السفر الأجنبي.