يتم الفحص الأمني والتسجيل للرحلة الجوية لغالبية شركات الطيران في قاعة المدخل   ( check in) الموجودة في الطابق الثالث من مبنى الترمينال. تنفّذ بعض شركات الطيران هذه الإجراءات في كاونترات الفحصG1  حتىG19  الموجودة في قاعة الاستقبال – طابقG .

من المحبّذ الاستيضاح في أي قاعة وفي أي منطقة فحص يتم الفحص الأمني والتسجيل للرحلة الجوية, قبل الوصول إلى مطار بن غوريون, وذلك  في موقع الإنترنت أو في الرد الصوتي أو في استعلامات مطار بن غوريون.

المسافرون الذين ينهون إجراءات الفحص للرحلة الجوية في طابق يستطيعون استخدام المصاعد أو الدرج الكهربائي من أجل الصعود إلى طابق 3  لمتابعة مراحل المسافر المغادر.