مع تزايد حجم حركة المسافرين، وجدت سلطة المطارات حلولا هندسية لسدّ الاحتياجات التفعيلية اليومية، وخاصة عن طريق توسيع البنى التحتية والمنشآت القائمة. تبين من فحص تم إجراؤه، أن الازدحام الحقيقي الحاصل في مطار بن غوريون هو ضغط المسافرين الناجم في منطقة الترمينال. ردا على ذلك، طورت سلطة المطارات خلال عام 1993، برنامجا شاملا لتوسيع سعة الترمينال.

في عام 1993 تمت بلورة برنامج مفاهيم، خُطط في إطاره مشروع ترمينال  3.

في مركز التخطيط - إقامة ترمينال جديد إلى جانب الترمينال الحالي، على مساحة كانت في الأصل أرضا زراعية؛ تطوير النقل البري؛ إنشاء طرق وصول جديدة وبناء سكة حديد يتم تشبيكها بشبكة القطار القطرية. بهدف تحقيق الخطة، كان من المطلوب أولا تحويل مجرى وادي أيالون عن الموقع المخطط.

في عام 1994، اتخذت حكومة إسرائيل، برئاسة رئيس الحكومة آنذاك السيد إسحاق رابين رحمه الله، قرارا بشأن الحاجة إلى بناء ترمينال جديد في مطار بن غوريون. وقد صدّقت الحكومة مبدئيا على ميزانية إقامة الترمينال.

مع إكمال المشروع تم التوصل إلى الأهداف الرئيسة التي وضعتها سلطة المطارات نصب أعينها:    

·         إقامة مطار معاصر ومتطور، يتيح زيادة حجم السياحة، الاستيراد والتصدير بشكل ملحوظ.

·         تطوير تدريجي للمطار لاستيعاب 12 مليون مسافر، وفي المستقبل حتى 16 مليون مسافر في السنة.

·         إقامة منظومة خدمات بمستوى عالمي للمسافرين ولشركات الخطوط الجوية.

·         بناء ترمينال تركيبي، يتلاءم مع التغييرات المستقبلية: حجم الطائرات، مستوى الخدمة المقدمة للمسافرين ونشطات شركات الخطوط الجوية.

·         تشجيع التجارة الدولية والإقليمية النشطة استعدادا لعهد السلام الشامل.

·         تمويل تطوير المطار من دون استخدام المصادر الحكومية.

·         تحسين علاقات المطار بالساكنين إلى جوار مطار بن غوريون: مع المصادقة على خارطة ترمينال 3 تم ترتيب العلاقات المتبادلة بين نشاطات المطار والتأثيرات البيئية وبين جودة الحياة في منطقة المطار وفي البلدات المجاورة.

تخطيط المبنى الأرضي - مكتب كارمي بالاشتراك مع شركة SOM الأمريكية.

تخطيط المبنى الجوي - مكتب صفاديه بالاشتراك مع شركة جلن (تركيا) التي بدأت البناء وشركة منراف التي أكملت البناء.

مواقف السيارات - شركةP.B  بالاشتراك مع شركة دال. بنو تنتركال ومنراف.

تخطيط مركز الطاقة - مكتب إيلي فيرست / أدام.

مع إكمال الخارطة البرمجية، بدأ التخطيط الهندسي والمعماري. تم تقسيم المشروع إلى خمسة مشاريع فرعية، كل منها يتم إنجازه من قبل طاقم مهني منفرد حسب التوزيع التالي:

الترمينال الجوي.

الترمينال البري. 

البنى التحتية.

مركز الطاقة.

تحويل مسار وادي أيالون.

بدأت أعمال البناء على الأرض في شهر أيار 1998، مع اختيار المتعهد لإنجاز أعمال الحفريات والبنى التحتية العميقة.

صادقت اللجنة الوزارية للشؤون الاقتصادية بتاريخ 12.6.1995على إطار ميزانية متعددة السنوات لبناء منشأة الترمينال في مطار بن غوريون بمبلغ إجمالي قدره 557.5 مليون دولار، حسب أسعار شهر كانون الأول 1994.

أحدث تقدير لتكلفة المشروع بالمصطلحات الجارية هو حوالي 798 مليون دولار، بما في ذلك تكلفة إقامة ذراع رابعة ومشروع القطار، تم استثمار 637 مليون دولار منها حتى تاريخ 31.12.03. ولتنفيذ المشروع، قامت السلطة بتجنيد قروض بحجم كلي وصل إلى حوالي 315 مليون دولار (تم تجنيد حوالي 100 مليون دولار منها من أموال الضمانات الأمريكية لعام 1999 وحوالي 215 مليون دولار في عام 2001 من بنوك في إسرائيل).

يمتد ترمينال 3 على مساحة أرض قدرها نحو 1,700 دونم ومساحة مبنية قدرها نحو 270,000 متر مربع، تشتمل على:

 مبنى أرضي - 7 طوابق.

 مبنى جوي - 3 طوابق.

 مناطق توقيف مزدوجة الطوابق تتسع لحوالي 2,400 مكان توقيف.

 مواقف مفتوحة - 2,100 مكان توقيف.

يشتمل مبنى ترمينال 3 أيضاً  على:

ثلاث منشآت وجسور تحميل للطائرات-Loading Bridges  - تتيح توصيل 24 طائرة في الوقت نفسه ، شبكة طرقات وجسور، حوالي 34-38 ساحة توقيف للطائرات، مسار سفر إضافي، مركز االطاقة، مواقف للسيارات ومنشآت مساندة كثيرة أخرى.